cfDNA Purification Beads

Popis: 
Sada cfDNA Purification Kit od americké společnosti BioDynami využívá magnetické kuličky k efektivnímu čištění a obohacení mimobuněční DNA (cfDNA) ze vzorků tekuté biopsie, jako je plazma, sérum, moč a cerebrospinální tekutina. Je navržena tak, aby oddělila cfDNA od kontaminující genomické DNA, což vede ke zlepšení výsledků v následných aplikacích.

cfDNA hraje klíčovou roli v diagnostice různých onemocnění, zejména v detekci signálů spojených s rakovinou. Běžné metody izolace DNA z plazmy často poskytují proměnlivé výsledky s přítomností genomické DNA, což může ovlivnit citlivost a konzistenci navazujících analýz, jako je sekvenování nové generace (NGS), PCR a digitální PCR.

Tato sada umožňuje specifické získání cfDNA (fragmenty o velikosti 50-500 bp) a zároveň odstranění vysokomolekulární genomické DNA. To je zvláště důležité, protože fragmenty cfDNA odvozené z rakovinných buněk mají často velikost pod 100 bp a jsou obtížně detekovatelné standardními metodami. Obohacení cfDNA před dalšími kroky tak může výrazně zlepšit detekci signálů pocházejících z nádorových buněk.

Sada využívá technologii Dual Solid Phase Reversible Immobilization (SPRI) pro purifikaci cfDNA. Umožňuje získat více než 90 % cfDNA bez kontaminace genomickou DNA. Lze získat i fragmenty o velikosti 500 bp a více. Obě frakce DNA (50-500 bp a >500 bp) jsou vhodné pro použití v aplikacích jako je příprava knihoven pro NGS (jednořetězcové i dvouřetězcové), qPCR, ddPCR a další metody.

Postup: 

Schématické znázornění procesu purifikace mimobuněční DNA (cfDNA) pomocí magnetických kuliček lze vidět na obrázku níže. Prvním krokem je specifické navázání genomické DNA na magnetické kuličky, které se následně magnetem oddělí od roztoku obsahujícího cfDNA a další nečistoty. Supernatant s cfDNA se opatrně odebere a kuličky s genomickou DNA se promyjí a eluují pro získání čisté genomické DNA. V dalším kroku se k supernatantu s cfDNA přidají nové magnetické kuličky, které vážou cfDNA. Kuličky s navázanou cfDNA se poté promyjí a eluují, čímž se získá vysoce kvalitní, purifikovaná cfDNA vhodná pro další molekulárně biologické analýzy. Celý postup tak zajišťuje efektivní separaci cfDNA od genomické DNA a ostatních nežádoucích složek.

Účinnost: 

Účinnosti izolace cfDNA pomocí magnetických kuliček lze vidět na grafech. Grafy vlevo ukazují, že purifikace vede k obohacení o krátké fragmenty cfDNA (35-100 bp) a odstranění velkých fragmentů gDNA, což je viditelné ve dvou vzorcích s různým obsahem cfDNA. Gelová elektroforéza potvrzuje účinné oddělení frakcí cfDNA a gDNA po purifikaci, což dokazuje selektivitu metody.

Účinnost purifikace malých fragmentů DNA (50-500 bp) a selektivní separaci od genomické DNA (gDNA) pomocí magnetických kuliček lze vidět na obrázku níže. Grafy a gelová elektroforéza ukazují, že purifikace vede k obohacení o cílené fragmenty DNA (50-500 bp) a současnému odstranění gDNA. Různé vzorky s odlišnými poměry gDNA a fragmentované DNA dokazují robustnost metody.

Metoda umožňuje dosáhnout vysoké výtěžnosti jak pro cfDNA, tak pro gDNA, s recovery rate blížícím se 90 % a více. To svědčí o efektivitě a minimálních ztrátách DNA během purifikačního procesu.

Vlastnosti:

• Oddělení cfDNA a genomové DNA; možnost izolace obou typů DNA
• Izolace cfDNA o velikosti 50–500 bp; možnost získání fragmentů cfDNA již od 50 bp
• Obnova vysoce molekulární genomové DNA
• Odstranění nežádoucích složek a dalších nečistot
• Vhodné pro automatizované systémy

Velikost balení: 

24 reakcí (kat.č. 40056S)

96 reakcí (kat.č. 40056L)