Dokładna ilościowa ocena bibliotek DNA do sekwencjonowania nowej generacji (NGS) ma kluczowe znaczenie dla zapewnienia efektywnej generacji danych oraz uzyskania odczytów wysokiej jakości. Reakcja łańcuchowa polimerazy ilościowej (qPCR) to bardzo czułe i precyzyjne podejście do ilościowego pomiaru bibliotek NGS, które wykorzystuje minimalną ilość materiału w porównaniu z innymi metodami ilościowymi. Ilościowy pomiar qPCR śledzi stężenia bibliotek w funkcji liczby cykli PCR, aby uzyskać ilościową estymację początkowego stężenia matrycy na podstawie znanej ilości DNA jako kontrola lub standard. Dlatego kontrolna matryca powinna być jak najbardziej podobna do bibliotek pod względem wielkości matrycy, zawartości GC i rodzaju biblioteki. Ważne jest również, aby ilość kontrolnej matrycy była stała, ponieważ każda runda ilościowej oceny biblioteki określa efektywność generacji klastra, co z kolei dostosowuje ilość naładowanych skonstruowanych bibliotek do sekwencjonowania. Nawet niewielka zmiana standardu prowadzi do fluktuacji gęstości klastra, co może zagrażać jakości danych lub marnować zdolność sekwencjonowania.
Zestaw do ilościowego pomiaru bibliotek MCNext™ SYBR® Fast qPCR oferuje szybkie i niezawodne rozwiązanie do określania stężenia biblioteki z bezpośrednią estymacją gęstości klastra. Ta metoda bezpośredniego pomiaru znacznie oszczędza czas i zasoby w porównaniu z innymi zestawami do ilościowego pomiaru bibliotek qPCR dostępnymi na rynku. Osiąga to, dostarczając skonstruowaną bibliotekę zamiast pojedynczego fragmentu DNA jako standardu kontrolnego znanego stężenia generacji klastra na platformach sekwencjonowania Illumina®.
Zestaw do ilościowego pomiaru bibliotek MCNext™ SYBR® Fast qPCR wykorzystuje wydajny enzym PCR firmy MCLAB do fast PCR, z użyciem standaryzowanych Bibliotek Phi X (w siedmiu 10-krotnych rozcieńczeniach) o średniej wielkości 570 pb, co umożliwia szybki i precyzyjny pomiar w zakresie 0,0001 – 100 pM w zaledwie 60 minut. Na podstawie pomiaru wynik może być bezpośrednio przeliczony na liczby klastrów do określenia referencyjnego wolumenu ładowania.
Zestaw do ilościowego pomiaru bibliotek MCNext™ SYBR® Fast qPCR stanowi szybkie rozwiązanie dla kontroli jakości konstrukcji bibliotek, dodając wartość do Twojego procesu pracy i zwiększając pewność w uzyskiwanych wynikach. Wyłączne Biblioteki Phi X składają się z grupy adapterów sekwencjonowania Illumina® połączonych z fragmentami DNA pochodzącymi z genomu Phi X o dobrze zdefiniowanej sekwencji i zrównoważonej zawartości GC (50%). Użycie tej biblioteki jako kontroli dla bibliotek skonstruowanych do sekwencjonowania na platformach Illumina® jest znacznie lepsze niż pojedynczy fragment DNA jako standard kontrolny stosowany przez inne zestawy do ilościowego pomiaru bibliotek qPCR dostępne na rynku. Może być szybko interpolowana do oszacowania gęstości klastra i służy jako punkt odniesienia do ilościowej oceny bibliotek próbek bez potrzeby dodatkowego przebiegu sekwencjonowania w celu pomiaru gęstości klastra. To doskonała kontrola z wymiernym parametrem konwersji generacji klastra, co pozwala szybko ustalić, czy błąd jest związany z przygotowaniem próbki przed kosztownym przebiegiem sekwencjonowania. Pomiar jest szybki, bezpośredni i precyzyjny poprzez ekstrapolację na podstawie krzywej kalibracyjnej wygenerowanej przy użyciu siedmiu 10-krotnych rozcieńczeń Bibliotek Standaryzowanych, a następnie prostego przeliczenia liczby klastrów.
Zestaw do ilościowego pomiaru bibliotek MCNext™ SYBR® Fast qPCR dostępny jest w 3 typach (Regular ROX, Low ROX i Universal) w zależności od preferencji wewnętrznego barwnika referencyjnego termocyklerów PCR. Zestawy obejmują gotową do użycia mieszankę Master Mix 2X, Mieszankę Primerów 10X i Biblioteki Phi X.
Cechy
Zestaw do ilościowego pomiaru bibliotek MCNext™ SYBR® Fast qPCR dostarcza badaczom dokładną i czułą metodę do ilościowego pomiaru bibliotek NGS.
Bezpośredni pomiar gęstości klastra biblioteki przed naładowaniem próbek.
Precyzyjny pomiar biblioteki przy użyciu standaryzowanych bibliotek opartych na genomie Phi X.
Stały pomiar biblioteki w szerokim zakresie próbek.
Wydajny i szybki enzym PCR,wysoka czułość i szybkie wykrywanie, uproszczone kroki.
Dostosowany do ilościowego pomiaru bibliotek o większym stopniu uporządkowania dla większych zastosowań kodowania kreskowego.
Dopasowany do bibliotek skonstruowanych przy użyciu protokołów Illumina® TrueSeq i Nextera.
Wygodne zestawy dla wszystkich typów platform PCR w czasie rzeczywistym.
View full size
