NextGENe

Popis:
NextGENe® je software pro analýzu dat z metod sekvenování nové generace (NGS), navržený pro rychlé, přesné a uživatelsky přívětivé zpracování sekvenačních dat. Nabízí intuitivní prostředí typu „point & click“, které nevyžaduje programování ani pokročilé bioinformatické znalosti, a usnadňuje tak analýzu dat širokému spektru laboratoří.

Software je kompatibilní s daty z hlavních NGS platforem, včetně Illumina® iSeq, MiniSeq, MiSeq, NextSeq, HiSeq a NovaSeq, stejně jako Ion Torrent™ Ion GeneStudio S5, PGM a Proton a dalších sekvenačních systémů. Běží na operačních systémech Microsoft Windows a představuje vhodnou alternativu k programům CLC Genomics Workbench, Lasergene SeqMan Pro a dalším bioinformatickým nástrojům.

NextGENe® integruje širokou škálu analytických modulů v jednom softwarovém balíčku. Umožňuje detekci SNP a indel mutací, analýzu strukturálních variant, porovnávání vzorků, analýzu CNV, de novo skládání genomů, RNA-Seq analýzu, analýzu genové exprese, ChIP-Seq, miRNA i metagenomických dat. Součástí jsou také nástroje pro automatizované workflow, tvorbu vlastních reportů, anotaci variant a vizualizaci výsledků.

Vlastnosti:

• intuitivní uživatelské rozhraní bez nutnosti programování
• analýza dat z hlavních NGS platforem
• detekce SNP a indel mutací
• analýza strukturálních variant a genových fúzí
• analýza CNV
• Whole Genome Sequencing (WGS)
• Whole Exome Sequencing (WES)
• targeted resequencing
• de novo assembly
• RNA-Seq analýza
• analýza genové exprese
• ChIP-Seq, DGE, miRNA a metagenomická analýza
• Family/Trio Comparison
• Tumor-Normal Comparison
• podpora analýzy UMI
• automatizované workflow NextGENe AutoRun
• vlastní reporty a metriky kvality
• anotace variant a referenčních genomů

Použití:

• analýza SNP a indel mutací
• Whole Genome Sequencing (WGS)
• Whole Exome Sequencing (WES)
• cílené sekvenování
• analýza strukturálních variant
• detekce genových fúzí
• analýza Copy Number Variation (CNV)
• analýza aneuploidií
• RNA-Seq
• analýza genové exprese
• ChIP-Seq
• Digital Gene Expression (DGE)
• miRNA analýza
• metagenomika
• analýza vzácných onemocnění
• analýza rodinných a trio studií
• somatické mutace
• onkologický výzkum
• genetický výzkum