NextGENe

Opis:
NextGENe® to oprogramowanie do analizy danych z sekwencjonowania nowej generacji (NGS), zaprojektowane z myślą o szybkim, dokładnym i intuicyjnym przetwarzaniu danych sekwencyjnych. Oferuje środowisko typu „point & click”, dzięki czemu nie wymaga programowania ani zaawansowanej wiedzy bioinformatycznej.

Program współpracuje z danymi pochodzącymi z głównych platform NGS, w tym Illumina® iSeq, MiniSeq, MiSeq, NextSeq, HiSeq i NovaSeq, a także Ion Torrent™ Ion GeneStudio S5, PGM i Proton oraz innych systemów sekwencjonowania. Działa w środowisku Microsoft Windows i stanowi alternatywę dla wielu klasycznych narzędzi bioinformatycznych.

NextGENe® integruje liczne moduły analityczne, umożliwiające analizę SNP, indeli, wariantów strukturalnych, CNV, RNA-Seq, WGS, WES, ekspresji genów, ChIP-Seq, miRNA oraz metagenomiki, a także automatyzację analiz, tworzenie raportów i anotację wariantów.

Właściwości:

• intuicyjny interfejs użytkownika
• obsługa głównych platform NGS
• analiza SNP i indeli
• analiza wariantów strukturalnych i fuzji genów
• analiza CNV
• WGS i WES
• targeted resequencing
• de novo assembly
• RNA-Seq
• analiza ekspresji genów
• ChIP-Seq, DGE, miRNA i metagenomika
• analiza Family/Trio
• analiza Tumor-Normal
• obsługa UMI
• automatyzacja NextGENe AutoRun
• własne raporty i metryki jakości
• anotacja wariantów

Zastosowanie:

• analiza SNP i indeli
• Whole Genome Sequencing (WGS)
• Whole Exome Sequencing (WES)
• sekwencjonowanie ukierunkowane
• analiza wariantów strukturalnych
• analiza fuzji genów
• analiza CNV
• wykrywanie aneuploidii
• RNA-Seq
• analiza ekspresji genów
• ChIP-Seq
• Digital Gene Expression
• analiza miRNA
• metagenomika
• badania chorób rzadkich
• analiza rodzin i trio
• analiza mutacji somatycznych
• badania onkologiczne